All’empirismo nella conoscenza si accompagna in John Locke il liberalismo politico-religioso.
Il pensiero politico-religioso di John Locke presenta la teoria del liberalismo tra diritti umani naturali inalienabili e sovranità legislativa, esecutiva, giudiziaria e federativa e l’affermazione della libertà religiosa e della tolleranza, della laicità dello Stato e della separazione di stato e Chiesa, della ragionevolezza del credo cristiano e della via al deismo come religione naturale basata piuttosto sulla ragione che sulla fede.
In politica presupposto di John Locke è il contrattualismo: come per Thomas Hobbes per Locke lo Stato origina da un contratto; diversamente da Hobbes però Locke nega il trasferimento completo allo stato dei propri diritti naturali da parte del cittadino. Allo stato di natura come condizione precedente la civiltà socio-politica è per Locke la ragione come legge di natura a controllare la degenerazione della libertà nell’arbitrio individuale: il passaggio dallo stato naturale allo stato civile è mediato dal contratto sociale, inteso a consolidare i diritti naturali degli uomini; oltre alla vita i diritti fondamentali tutelati dalla comunità socio-politica sono così la libertà e la proprietà privata come costitutive della persona e della personalità umana. Alle leggi naturali subentrano quindi le leggi positive dello Stato: alla identificazione hobbesiana di pactum unionis e pactum subjectionis, per la quale per Hobbes l’uomo è cittadino solo nello stato, Locke oppone la distinzione di società civile e stato, per la quale l’uomo è cittadino libero e proprietario di fronte allo stato; l’idea lockiana dello Stato funzionale a libertà individuale e proprietà privata inizia la tradizione liberale.
Garanzia della libertà civile è per Locke la divisione dei poteri dello Stato: lo stato ha il potere legislativo di fare le leggi e il potere esecutivo di imporle, e il potere legislativo ha anche funzione giudiziaria e subordina il potere federativo di pace e guerra e lo stesso potere esecutivo; dal superamento dei limiti legislativi del potere esecutivo deriva il diritto-dovere dei cittadini alla ribellione al governo statale, il quale è soggetto al popolo.
I limiti dello Stato sono per Locke chiari sulla religione: la fede non può essere imposta ed occorre rispetto e tolleranza per le diverse fedi religiose. Alla tolleranza tra tutti i cristiani Locke richiama nella Ragionevolezza del cristianesimo del 1695: la ricerca di Locke dell’armonia tra ragione e fede cristiana apre al deismo come religione naturale razionalmente fondata; il cristianesimo ragionevole è in questo modo cristianesimo razionale.